Nacida en Londres se siente sin embargo irlandesa. Educada por una madre católica y un padre intelectual y escéptico, valoró desde muy joven la dignidad humana y el amor a la verdad. La muerte de su padre en sus años tempranos y el gran dolor de su madre quedaron para ella grabados en la memoria. Se sentía profundamente religiosa, pero abominaba de los dogmas y repudiaba la religión, pareciendo que asumía así la herencia de sus dos padres. Paso muy brevemente por los episodios de su infancia, pues no es el motivo de este artículo. Simplemente decir que tras la muerte de su padre la familia pasó por momentos duros que lograron superar por la tenacidad y la fortaleza mental de su madre. Annie fue protegida y educada por un mujer soltera de desahogada posición con la que, en 1861, viaja al extranjero , especialmente por Francia y Alemania. En esa etapa estudió alemán y francés y recibió una educación marcadamente religiosa.

A los 20 años se casa con un clérigo y en esta etapa le asalta su primera duda religiosa. Duda surgida de una comparación exhaustiva de los cuatro evangelistas, donde constató grandes contradicciones entre las distintas versiones. Rechaza estas dudas atribuyéndolas a su ignorancia o pensando que son una prueba para su fe. Considera que la idealización de los clérigos, que le llevó a este matrimonio fue el funesto resultado de su concepto religioso; estos rígidos concepto le llevaron a comprometerse con un hombre al que no amaba, por el simple hecho de que no se atrevió a negarse y porque el matrimonio con un sacerdote suponía que la acercaban más a los sagrado. Un poco antes de su matrimonio ocurrió un hecho fundamental para el posterior desarrollo de su vida: conoció en las palabras de un abogado de los pobres los sufrimientos de las mujeres y los niños que trabajaban en las minas. La nueva visión que este hombre la dió de esta población, de gente con derecho a gobernarse y no a recibir protección,ni caridad,  sino justicia la introdujo, según sus propias palabras en el mundo del «radicalismo». Asistió también en ese momento a graves disturbios entre irlandeses e ingleses. Todos estos hechos le hicieron  comprender el movimiento feniano (nacionalismo irlandeses).

Desde el principio su matrimonio fue por mal camino. Su marido tenía férreas ideas sobre la sumisión de la mujer, que chocaban con su aprecio por la libertad. Empieza a conocer entonces facetas que no había imaginado de su carácter: una recia voluntad que deseaba rebelarse contra todo freno y opresión.

En 1868 comienza sus primeros escarceos literarios en forma de cuentos que le produjeron sus primeros beneficios económicos, aunque ignoraba entonces que según la ley inglesa aquello pertenecía a su marido, lo que le causó un profundo enojo al enterarse. El nacimiento de su hijo un año después interrumpió temporalmente su tarea literaria. Un año después tuvo su segundo hijo, una niña delicada a punto de morir por complicaciones de la tosferina. Tras la recuperación de la niña, Annie se vio inmersa en fuertes dudas religiosas lo que le impulsó a estudiar los dogmas uno a uno, no con crédula convicción, sino con la ayuda de una mente crítica. Comienza entonces a leer libros heréticos y de la Escuela Libre. Necesita entender como un Dios bueno crea una humanidad destinada en su mayoría al infierno. La influencia de las lecturas agnósticas le hacían dudar cada día más de su antigua fe. A todo esto se unen sus abiertas simpatías hacia las reivindicaciones de los jornaleros agrícolas y la Unión que habían creado.

Finalmente desecha los dogmas en los que se había educado pasando a un teísmo libre de dichos defectos. Se lanza entonces a colaborar con un folleto de artículos heréticos, permaneciendo su nombre en el anonimato por ser esposa de un clérigo. Posteriormente se ausenta de la iglesia donde imparte misa su marido en el momento de la comunión, y en 1873 dio una conferencia ante los bancos vacíos de la iglesia de Sibsey. Ese mismo año tras su ausencia durante la comunión su marido le insta a que no lo repita, a lo que ella rehúsa dando como resultado su separación. Pasa entonces por grandes apuros económicos. En 1874 muere su madre.

Fue procesada por publicar y firmar un folleto sobre el control de la natalidad, folleto que firmó en aras de la libertad de expresión. Este era un tema tabú tanto para el poder y la Iglesia como para la izquierda del momento. Annie explicó en el juicio que con el libro las mujeres obreras podían tener a bajo precio lo que las ricas obtenían de forma más costosa.

En 1879 se matricula en la universidad de Londres en la rama de ciencias. En 1855 tomó contacto con la sociedad fabiana (organización fundada en Gran Bretaña en 1883 por simpatizantes socialistas, origen del partido Laboista, con el objetivo de trabajar en favor de la reforma social y una sociedad más justa, evitando la explotación y la miseria provocadas por el capitalismo).

Masonería Mixta Internacional